С другой стороны, субтитры из контейнера чувствительны к перемотке - пока новая фраза не начнётся, субтитры не покажутся.
В то время как подключаемые внешние безразличны к этому - перемотал в середину фразы, тебе и показывают что там должно быть в это время. А при "контейнерном" варианте, если перематывать, можно наткнуться на "пробелы", если на середину фразы попадёшь. Либо жди следующую, либо отматывай к началу. Только тогда субтитры увидишь.
Сижу вот и думаю, в каком всё же варианте сохранять - видео + субтитры, или же в одном контейнере, чтобы файлики были автономными?